Die letzten Häftlinge und SS-Leute verließen Neuengamme am 2. Mai 1945. Als britische Soldaten kurze Zeit später das Lager betraten, fanden sie ein riesiges Gelände mit einer Vielzahl von Baracken vor. Was sich dort zugetragen hatte, offenbarte der Ort jedoch nicht. Die britische Militärregierung nutzte ab Anfang Juni 1945 das ehemalige KZ als Internierungslager (Civil Internment Camp No. 6). Hier wurden SS-Angehörige, zivile Funktionsträger des NS-Staates und mutmaßliche Kriegsverbrecher eingewiesen. Das Internierungslager wurde am 13. August 1948 geschlossen.
Die Stadt Hamburg übernahm 1948 das ehemalige KZ-Gelände und nutzte es fortan als Gefängnis. Die Holzbaracken im ehemaligen Häftlingslager wurden abgerissen und 1950 durch einen großen Neubau ersetzt. Nahezu alle in der KZ-Zeit errichteten Steingebäude wurden als Haft- und Verwaltungsgebäude oder Werkstätten weiter genutzt. Teile des SS-Lagers und das Kommandantenhaus dienten als Wohnungen für Gefängnisbedienstete. Ende der 1960er Jahre errichtete die Justizbehörde ein weiteres Gefängnis auf dem einstigen KZ-Gelände. Es entstand dort, wo sich die Tongruben befanden.
Erst auf Druck der Überlebendenverbände und nach jahrelanger öffentlicher Auseinandersetzung beschloss der Senat der Freien und Hansestadt Hamburg 1989 die Verlagerung der Gefängnisse. Die Schließung des ersten Gefängnisses erfolgte aber erst im Juni 2003. Im Februar 2006 wurde auch das zweite Gefängnis geschlossen. Nach dessen Abriss und der Übergabe auch dieses Geländes im Mai 2007 umfasst die Gedenkstätte heute nahezu das gesamte Areal des einstigen Konzentrationslagers. An die Nachnutzung erinnern heute ein Überrest des ersten Gefängnisses im ehemaligen Häftlingslager und ein Mauerrest mit Wachtturm des zweiten Gefängnisses auf dem Gelände der ehemaligen Tongruben.
„Das Konzentrationslager Neuengamme lastet wie ein Fluch auf Hamburgs Gewissen, seiner Ehre und seinem Ruf. Der Ruf seiner Unmenschlichkeit und die grauenhaften Schrecken dieses Lagers müssen ausgelöscht werden aus der Erinnerung an unsere Zeit. Hierzu wird jetzt die Gelegenheit geboten, nämlich hier eine vorbildliche Gefangenenanstalt aufzubauen, die den Ruf von Neuengamme und damit Hamburgs wieder herstellt.“
Antrag der Gefängnisbehörde an den Senat (Antrag 21.10.1947 Justizbehörde Hamburg)