Die SS-Wachmannschaften in Neuengamme versuchten im April 1945, die Spuren ihrer Verbrechen zu verwischen und ließen ihre Aktenregistratur von Häftlingen verbrennen. Einige versteckten jedoch einen Stapel von Totenbüchern und Laborbüchern des Krankenreviers. Diese Unterlagen sind, von einigen Sterberegistern des Lagerstandesamtes der SS im heutigen Standesamt Bergedorf abgesehen, die bedeutendsten der erhaltenen Dokumente der Verwaltung des KZ Neuengamme.
Das Archiv der KZ‑Gedenkstätte Neuengamme umfasst neben diesem Original-Schriftgut aus der Lagerregistratur eine umfangreiche Sammlung von Duplikaten andernorts verwahrter Dokumente. Das Archiv verwahrt darüber hinaus einen bedeutenden Bestand von Nachlässen, Erinnerungs-Berichten und Interviews. Zum Archiv gehört das Schriftdokumentenarchiv, das Video- und Audioarchiv, das Fotoarchiv und das Sammlungsarchiv gegenständlicher Objekte sowie eine kleine Restaurierungswerkstatt. Computer-Datenbanken enthalten Daten von fast der Hälfte der über 100.000 Häftlinge des KZ Neuengamme und der Außenlager.
Die wichtigsten Bestände sind:
Für die Benutzung des Archivs und des digitalisierten Häftlingsregisters gelten die Bestimmungen des Hamburgischen Archivgesetzes, die einschlägigen datenschutzrechtlichen Bestimmungen und ggf. vertragliche Beschränkungen.