Verantwortlich für die Leitung des Hauptlagers und der Außenlager war der Kommandant. Das KZ Neuengamme hatte drei Kommandanten: Walter Eisfeld (1940), Martin Weiß (1940-1942) und Max Pauly (1942-1945). Insgesamt 4500 SS-Männer versahen im KZ Neuengamme und in den Außenlagern im Laufe der Jahre ihren Dienst. Im SS-Lager arbeiteten gleichzeitig bis zu 500 SS-Männer. Die meisten hatten direkten Kontakt zu den Häftlingen. Zum Alltag gehörten Schikanen und Misshandlungen.
Die Kommandeure der Wachmannschaften unterstanden dem Führer der SS-Totenkopfverbände in Oranienburg. Im KZ Neuengamme versahen drei, teilweise vier Wachkompanien, als Sturmbann zusammengefasst, den Dienst. Sie bewachten das Lager und die Arbeitskommandos außerhalb des Lagers. Das Häftlingslager war zusätzlich mit Stacheldraht eingezäunt, der nachts elektrisch geladen war. Für die Bewachung der Außenlager wurden 1944/45 zusätzlich Angehörige von Wehrmacht, Marine, Zoll, Polizei und Reichsbahn verpflichtet, die keine SS-Mitglieder waren.
Die Wachmannschaften wurden belehrt, dass sie die „innere Front“ des Reiches zu sichern hätten. Die Häftlinge seien gemeine Verbrecher und mit aller Härte zu behandeln. Die SS-Aufseher (in den Frauenaußenlagern auch Aufseherinnen) wurden systematisch zu menschenverachtender Behandlung der KZ-Gefangenen angeleitet. Besonders brutale SS-Angehörige wurden durch Beförderung belohnt. Nach dem Krieg mussten sich nur wenige Wachleute für ihre Taten vor Gericht verantworten.