Le commandant assume la direction du camp central et des détachements extérieurs. Le camp de concentration de Neuengamme sera dirigé par trois commandants successifs : Walter Eisfeld (1940), Martin Weiß (1940-1942) et Max Pauly (1942-1945). Un total de 4500 membres de la SS sont durant ces années au service du camp de concentration de Neuengamme et dans ses kommandos. L’effectif du camp SS peut atteindre jusqu’à 500 hommes. La majorité d’entre eux sont en contact direct avec les déportés. Les brimades et les violences de leur part font partie du quotidien.
Les chefs des équipes de garde dépendent du dirigeant des unités SS « têtes de mort » basé à Oranienburg. Au camp de Neuengamme, trois et parfois quatre compagnies de garde, réunies en une subdivision appelée Sturmbann, assurent la surveillance du camp et des détachements de travail hors du camp. Le camp des déportés est en outre entouré de barbelés qui sont mis la nuit sous tension. En 1944/45 sont en outre engagés pour la surveillance des camps extérieurs des membres de l’armée allemande Wehrmacht, de la marine, des douanes, de la police et des chemins de fer du Reich (Reichsbahn), qui ne sont pas membres de la SS.
Les équipes de garde ont pour consigne d’assurer la protection du « front intérieur » du Reich, et de traiter les déportés avec la plus grande rigueur qui convient aux criminels dangereux. Les surveillants SS (et surveillantes dans les camps extérieurs de femmes) sont systématiquement exhortés à traiter les concentrationnaires au mépris de l’être humain. Les membres SS particulièrement cruels sont récompensés par un avancement. Rares sont ceux qui après la guerre devront répondre de leurs actes devant la justice.